Skip to content Skip to navigation

DNA Origami İçin Yazılım

Dr. Mahir E. Ocak
10/01/2019 - 14:30

Origami, Japon kâğıt katlama sanatına verilen isimdir. DNA moleküllerinin katlanarak nanometre (metrenin milyarda biri) ölçeğinde yapıların inşa edilmesiyse DNA origami olarak adlandırılıyor. Geçmişte DNA origami, sadece konu hakkında uzmanlaşmış bilim insanlarının yapabileceği, önemli bilgi birikimi ve tecrübe isteyen bir işti. Ancak Massachusetts Teknoloji Enstitüsü ve Arizona Eyalet Üniversitesi’nde çalışan bir grup araştırmacı tarafından geliştirilen bir program sayesinde artık herhangi birisinin DNA origamiyle herhangi bir şekilde yapılar üretmesi mümkün hale geldi. PERDIX adı verilen program internet üzerinden indirilebiliyor. Konu ile ilgili bir makale Dr. Hyungmin Jun ve arkadaşları tarafından Science Advances’ta yayımlandı.

DNA origamiyle herhangi bir yapıyı üretmek için ilk önce bir bilgisayar programı kullanılarak yapının şekli çiziliyor ve CAD (bilgisayar destekli çizim) dosyasına dönüştürülüyor. Daha sonra bu CAD dosyası PERDIX yazılımına girdi olarak veriliyor ve arzu edilen şekli üretecek DNA dizilerini belirlemesi isteniyor. Diziler belirlendikten sonra geriye sadece üretimin yapılması kalıyor. Elde edilen 10-100 nanometre büyüklüğündeki yapılar haftalarca, hatta aylarca bir tampon çözeltinin içinde bozulmadan kalabiliyor.

DNA origamiyle üretilen yapılardan çeşitli amaçlarla bilimsel araştırmalarda yararlanmak mümkün. Örneğin bağışıklık sistemi hücrelerinin vücuda giren yabancı maddeleri nasıl tanıdığı hakkında bugün çok az şey biliniyor. Gelecekte DNA origamiyle üretilen yapıların üzerindeki belirli konumlara bağışıklık sisteminin tepki vermesine neden olan çeşitli maddeler ekleyerek bu konu hakkında araştırmalar yapmak mümkün olabilir. Bir başka uygulama alanıysa, fotosentezdekine benzer biçimde, ışığı toplayan devreler üretmek. Araştırmacılar, bu amaçla kromofor olarak adlandırılan ışığa duyarlı molekülleri üretilen yapıların üzerine ekliyorlar. Bu devrelerin basit işlemler yapabilen kuantum bilgisayarlarında kullanılması da mümkün olabilir. Eğer gerçekleştirilebilirse oda sıcaklığında çalışan ilk kuantum bilgisayarı devreleri DNA origamiyle üretilecek bu devreler olacak. 

İlgili İçerikler

Biyoloji

Bazı kimyasal tepkimelerin sonucu ışık yayılır. Örneğin gündelik hayatta ateşten yayılan alev, yanma tepkimesi sonucu oluşan bir ışık yayılımıdır. Kimyada bu olaya “kimyasal ışıldama” ya da “kemilüminesans” denir. Bir canlı tarafından gerçekleştirilen kimyasal tepkime sonucu ışık yayılmasına ise “biyolüminesans” denir. Yani biyolüminesans da bir çeşit kimyasal ışıldamadır.

Biyoloji

Bir grup bilim insanı artan plastik kirliliğine karşı doğada çözünebilen biyolojik polimer üretmeyi başardı.

Biyoloji

Sürüngenler sınıfı içinde yer alan kertenkele grubunun üyesi olan bukalemunlar ülkemizde nadir bulunan sürüngen türlerinden biri.

Biyoloji

Sizler için derlediğimiz, 2018 yılında bilim ve teknoloji alanında yaşanan önemli gelişmeleri üç bölüm halinde yayınlıyoruz.

Biyoloji

Gebze Teknik Üniversitesi (GTÜ) öğrencileri tarafından düzenlenen uygulamalı laboratuvar etkinliği OpenLAB 14-15 Aralık 2018 tarihlerinde gerçekleştirildi.

Biyoloji

Princeton Üniversitesi’nden Prof. Dr. Bonnie Bassler ve öğrencisi Justin Silpe, VP882 olarak adlandırılan, bakteriler arasındaki iletişimi dinleyen bir virüs keşfetti ve bu virüsü çeşitli bakterileri öldürmek için kullanmayı başardı. 

Biyoloji

İtalya’daki Ferrara Üniversitesi’nden Elisabetta Caselli ve çalışma arkadaşları 17.

Biyoloji

Mağaralar, ağaç kovukları, madenler, tavan araları ve çatılar... Bunlar tünedikleri yerlerden sadece birkaçı. Geceleri avlanmalarının yanı sıra dünyadaki tek uçan memeli de onlar. Evet, yarasalar! Yarasalar da tıpkı inek, fare, kedi, tavşan, yunus gibi yavrularını emzirerek büyütür.

Biyoloji

Türkiye’de Güneydoğu Anadolu Bölgesi’nde sınırlı bir alanda yaşayan çöl varanı (Varanus griseus griseus) dünyada Suriye, Filistin, Ürdün ve Irak gibi ülkelerde görülür. Yetişkin olanları çoğunlukla sarı-turuncu renktedir ve vücutlarında siyah geniş çizgiler bulunur.

Biyoloji

Dünya Doğayı Koruma Birliği (IUCN) tarafından 2018 yılında açıklanan Kırmızı Liste’ye göre nesli tükenme tehlikesiyle karşı karşıya olan kelaynaklar artık “Tehlike Altında” kategorisinde.