Skip to content Skip to navigation

Medikal Görüntü İşleme ve Analiz Sistemleri

Nurulhude Baykal
20/06/2016 - 16:18

Medikal görüntü işleme ve analiz sistemleri geliştiren Doç. Dr. Çiğdem Gündüz Demir ile çalışmaları ve bunların uygulama alanları hakkında konuştuk. Kendisinin genç girişimcilere tavsiyeleri var!

TÜBİTAK Bilim Genç: Öncelikle kendinizi ve çalıştığınız konuları okurlarımıza tanıtır mısınız?

Doç. Dr. Çiğdem Gündüz Demir: 14 Mart 1976’da Konya’da doğdum. 1999 yılında Boğaziçi Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü’nü bitirdikten sonra 2001 yılında aynı bölümden yüksek lisans derecemi aldım. Doktoramı ise 2005 yılında Rensselaer Politeknik Enstitüsü Bilgisayar Bilimleri Bölümü’nde tamamladım. 2006 yılından beri İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü’nde çalışıyorum. Ayrıca 2009 yılında Nanyang Teknoloji Üniversitesi’nde, 2013 yılında da Stanford Üniversitesi’nde ziyaretçi öğretim üyesi olarak bulundum.

Çalıştığım konuların başında medikal görüntü işleme ve analizi bulunuyor. Bu alan yapay zekâ, makine öğrenmesi ve bilgisayarla görme konuları ile de yakından alakalı.

TÜBİTAK Bilim Genç: Bunlar pek çok okurumuz için bilinmeyen konular. Çalışmalarınızı ve projelerinizi anlatır mısınız?

Doç. Dr. Çiğdem Gündüz Demir: Kanserin de dâhil olduğu birçok hastalığa tanı konulmasında medikal görüntüler sıklıkla kullanılıyor. İnsanların görme, gördüğünü yorumlama ve karar verme becerileri çok kuvvetli. Ancak, özellikle karmaşık olan ve uzmanlık gerektiren vakalarda, doktorun uzmanlık ve deneyimine de bağlı olarak, öznel yorumlama söz konusu olabiliyor. Bu ise karar vermede gözlemciler arası farklılıklara yol açabiliyor. Bu tip öznelliğin azaltılması için tüm dünyada, doktorlara yardımcı olabilecek nicel ölçütlere dayalı tanı sistemlerinin geliştirilmesi üzerine çalışılıyor.

Araştırma grubum ile birlikte medikal görüntüler üzerinde otomatik karar vermeye yönelik yeni yöntemlerin tasarlanması ve geliştirilmesi üzerine çalışıyoruz. Burada odaklandığımız temel problem, bu görüntüler üzerinde insanların görsel yorumlama ve karar verme süreci ile benzer biçimde işleyen otomatik karar verme sistemlerini tasarlayabilmek.

TÜBİTAK Bilim Genç: Bu sistemler doktorların işini kolaylaştırmalarının yanı sıra zaman tasarrufu sağlayacak gibi de görünüyor.

Doç. Dr. Çiğdem Gündüz Demir: Evet, tam olarak öyle. Örneğin kanser ilaçlarının geliştirilmesinde ilk çalışmalar hücre kültürleri üzerinde yapılıyor. İlaç olmak üzere hazırlanan bileşiklerin etkinliğinin ölçülmesi için canlı hücrelerin gözle sayılması halen yaygın olarak kullanılıyor. Ancak bu işlem hayli zaman alıyor. Özellikle farklı hücre kültürlerinde farklı dozlar için defalarca tekrarlanması gerektiği düşünüldüğünde, bu işlemin aldığı zaman daha da artabiliyor. Bu ve benzer uygulamaların zaman alma sorununu çözmek adına, otomatik ya da yarı otomatik sistemlerin geliştirilmesi üzerine çalışmalar tüm dünyada devam ediyor. Biz de, İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi Bilgisayar Mühendisliği Bölümü’ndeki araştırma grubumda bilgisayarları kullanarak akıllı sistemlerin tasarlanması ve geliştirilmesi üzerine çalışıyoruz.

TÜBİTAK Bilim Genç: Peki, sözünü ettiğiniz otomatik hücre tespit eden çalışmalarınız dışında başka ne gibi konularda çalışıyorsunuz?

Doç. Dr. Çiğdem Gündüz Demir: Bu bahsettiğim otomatik hücre tespit etme, üzerinde çalıştığımız bölütleme problemine bir örnek. Bunun dışında, farklı tür mikroskoplar ile alınmış görüntülerin karakterize edilerek otomatik sınıflandırılması üzerine de çalışmalarımız var. Ayrıca, verilen bir mikroskobik görüntünün sorgulanması ve bu görüntüye karakteristik olarak en çok benzeyen görüntülerin otomatik bulunmasına yönelik yöntemlerin geliştirilmesi üzerine de çalışmalarımız var. Bu problemlerin çözümüne yönelik özgün yaklaşımlar geliştirdik ve geliştirmeye devam ediyoruz. Ayrıca bilgisayarlı tomografi ve manyetik rezonans ile alınmış görüntülerin otomatik analizine yönelik çalışmalara da başladık.

TÜBİTAK Bilim Genç: Çalışmalarınızın uygulama alanı sağlık sektörüyle mi sınırlı?

Doç. Dr. Çiğdem Gündüz Demir: Her ne kadar yöntemlerimizi medikal görüntüler için geliştirmiş olsak da bu yöntemlerin medikal uygulamalar dışında kullanılması da mümkün. Örneğin uydu fotoğraflarının otomatik analizi, görüntülerdeki nesnelerin otomatik tespit edilmesi de üzerinde çalıştığımız projenin uygulama alanlarından sadece birkaçı.

TÜBİTAK Bilim Genç: Farklı uygulama alanları olması çalışmalarınızın farklı bölümlerden öğrencilere de açık olduğu anlamına geliyor mu?

Doç. Dr. Çiğdem Gündüz Demir: Araştırma grubumdaki doktora ve yüksek lisans öğrencilerinin büyük çoğunluğunu, bilgisayar mühendisliği ve elektrik-elektronik mühendisliği bölümlerinden lisans derecesi almış öğrenciler oluşturuyor. Ancak, çalıştığımız konular matematik ya da endüstri mühendisliği bölümü temelli öğrenciler için de uygun. Bunun yanı sıra konusu gereği disiplinler arası olan çalışmalarımızda biyoloji ya da tıp kökenli öğrenciler de yer alabiliyor.

TÜBİTAK Bilim Genç: Peki, bu alanda çalışacak birinin iş imkânları neler olabilir?

Doç. Dr. Çiğdem Gündüz Demir: Günümüzde, görüntülerin otomatik analizi ve sorgulanmasına yönelik sistemlerin geliştirilmesi için çalışan farklı büyüklüklerde şirketler var. Bu şirketler kalifiye elemanlara ihtiyaç duyuyor. Ayrıca bu tür akıllı sistemlerin mobil uygulamalarda da kullanılabilmesi mümkün. Dolayısıyla mobil uygulama geliştiren şirketler ve girişimciler de bu konuda çalışmalar yapabilir. Burada dikkat çekmek istediğim nokta şu ki medikal görüntü analizine yönelik sistem tasarımları, konusu gereği, hem biyoteknoloji hem de bilişim teknolojileri kapsamında yer alıyor. Bu her iki konu da devlet teşviki için öncelikli alanlardan. Diğer bir deyişle, kendi şirketini kurmak isteyen girişimciler için devletimizin sağladığı teşvikler ve vergi indirimleri gibi önemli avantajlar var.

İlgili İçerikler

Bilgisayar ve İnternet

Özellikle gençlerin yakından takip ettiği, çevrimiçi bir ortam olarak tanımlanan sosyal medya adeta dijital dünyamız haline geldi. Gençler gün boyu -hatta geceleri- sosyal medya aracılığı ile sosyal ilişkiler kuruyor, bilgi ediniyor ve çeşitli konularda paylaşımlarda bulunuyor. Peki, sosyal medyayı bu kadar yoğun kullanmanın, sağladığı çeşitli faydaların yanı sıra, olumsuz etkileri de olabilir mi?

Bilgisayar ve İnternet

Bir grup araştırmacı, yakın zamanlarda Science Advances’ta yayımladıkları bir makalede yapay zekâ yardımıyla çok hızlı bir biçimde yeni metalik camlar tasarlamayı ve üretmeyi başardıklarını açıkladı.

Bilgisayar ve İnternet

Çocuklar nesneleri evirip çevirerek, tutup bırakarak ya da itip çekerek oyunlar oynar. Bu, küçük yaşlardan itibaren fiziksel dünyayı keşfetmelerinin bir yoludur. İşte şimdi Google’a ait DeepMind’dan ve California Üniversitesi’nden araştırmacılar tarafından eğitilen bir yapay zekâ uygulaması bu tür bir oyun davranışının ilk aşamalarını sergiliyor.

Bilgisayar ve İnternet

Ankara Altındağ Cebeci Ortaokulu tarafından bu yıl 2.’si düzenlenen “Oyunumu Kodluyorum Yarışması”nın ödül töreni 12 Nisan 2018 tarihinde Ankara’da gerçekleştirildi. Geçtiğimiz yıl yalnızca Ankara’daki okulların katıldığı yarışmada bu yıl Türkiye genelinden birçok okul yer aldı.

Bilgisayar ve İnternet

2 Nisan’da başlayan 23. Ulusal Ortaokul Bilim Olimpiyatları ve 26. Ulusal Bilim Olimpiyatları birinci aşama sınavı başvuruları 24 Nisan’da sona eriyor.

Bilgisayar ve İnternet

ABD’de bulunan Brain of Things adlı bir şirket “robot ev” adını verdikleri apartman daireleri üzerinde çalıştıklarını duyurdu. Bu daireler çok yoğun olarak algılayıcılarla, otomatik aksesuar ve cihazlarla donatılıyor.

Bilgisayar ve İnternet

Zekâ genel anlamda kavrama, öğrenme, problem çözme, planlama gibi bilişsel özelliklerin kapasitesi olarak tanımlanabilir. Bilgisayarlara bu yeteneklerin kazandırılması olarak nitelendirebileceğimiz yapay zekâ önemli bir araştırma alanı.

Bilgisayar ve İnternet

Bugün ülkemizde internet kullanımının 25. yıl dönümü. 12 Nisan 1993’te TÜBİTAK ve Orta Doğu Teknik Üniversitesi’nin (ODTÜ) iş birliği ile başlatılan TR-NET projesi kapsamında 64 Kbps kapasiteli bir kiralık hat kullanılarak ODTÜ ile ABD’deki Ulusal Bilim Vakfı Ağı (NSFNet) arasında ilk internet bağlantısı kuruldu.

Bilgisayar ve İnternet

Berkeley’deki (ABD) Kaliforniya Üniversitesi araştırmacıları farklı türlerde, daha önce karşılaşmadığı nesneleri tutup kaldırmayı başaran yeni bir robot tasarladı. Bu basit bir iş gibi görünebilir. Birtakım nesneleri tutup kaldıran robotlar endüstride yaygın olarak kullanılıyor.

Bilgisayar ve İnternet

İnönü Üniversitesi Bilgoritma Topluluğu tarafından düzenlenen Robocot 2018, 4-6 Mayıs tarihleri arasında Malatya Turgut Özal Kongre ve Kültür Merkezi’nde gerçekleştirilecek.